Jeżeli mowa o naturze to oczywiście mowa o roślinach i zwierzętach. Dolina Rospudy słynie z wielu miejsc, w których swój żywot wiedzie wiele gatunków chronionych roślin oraz zwierząt. Z tego otóż powodu między innymi, ekolodzy nie chcieli by przez odcinek Doliny Rospudy przebiegała obwodnica. Miejsce jest tak bardzo ważne na mapie ekologicznej Polski. Jeżeli chodzi o gatunki chronionych ptaków zamieszkujących dolinę oraz okoliczne lasy to są to między innymi: jarząbek, orzeł bielik, orlik krzykliwy, błotniak stawowym, trzmielojad, włochatka, sóweczka, gąsiorek, dzięcioł białogrzbiety, muchołówka mała oraz zimorodek. Na obszarze Doliny Rospudy żerują ptaki, które swe gniazda mają w okolicznych terenach. Między innymi w znanej Puszczy Augustowskiej. Prócz ptactwa w dolinie można spotkać przemieszczające się ssaki. Migrują one z Puszczy Augustowskiego oraz Biebrzańskiego Parku Narodowego na wschód. Te ssaki to między innymi: jelenie oraz wilki. Prócz nich można spotkać tutaj bobry, wydry oraz kilka gatunków nietoperzy.